改編自日本小說家 遠藤周作的小說 傳教士羅德里哥（Rodrigues）在迫害基督徒的高峰期潛入日本，他的另一個目的是尋訪在迫害下棄教的神父費雷拉（Ferreira）――他曾經的精神導師。羅德里哥為潛伏中的日本教徒所歡迎，卻也為他們帶來災難。目睹了教徒的殉難，羅德里哥一度鬥志高漲，然而，這種幾乎無可厚非的驕傲被一步步摧毀，羅德里哥不能容忍上帝對人間苦難的一再沉默，甚至意識到自己的堅持只是基於某種虛妄的驕傲而非真正的悲哀，而他人的受難更多地顯示出人的無可奈何而非忠貞不屈。終於，在當年的導師、而今的棄教者費雷拉的攙扶下，羅德里哥把腳踩上了地上的耶穌像。他們不再是居高臨下地為日本帶來真理的傳教士，而只是從此默默地生活在日本人中，渴望對他們“有用”的異鄉人。然而，這並不是基督的失敗，在他們的背叛中，上帝放棄了他自己，上帝終於打破了他的沉默。